약을 디자인하는 프로세스는 크게 두단계로 나뉜다. 첫 단계는 약의 바탕이 되는 종자 화합물을 발견하는 단계이다. 두번째 단계는 발견한 종자 화합물을 개량하는 것이다. 생체내 단백질 중에는 화학반응을 촉매하는 효소와 생체내에서 정보전달을 중개하는 수용체가 있다. 대개는 이 단백질들이 약의 표적이 된다. 약이란 생체내 리간드 대신에 효소나 수용체에 결합함으로써 효소나 수용체의 기능을 조절할 수 있는 물질로, 원래 우리 몸 안에 없던 리간드 분자라고 할 수 있다. 약의 디자인이라고 하는 것은 약으로 만들고자 하는 분자의 형상과 성질을 표적 단백질의 약물 결합부위에 맞추어 나가는 작업이다. 즉, 표적 단백질에 보다 강하게 결합하도록 약물 분자의 형상과 성질을 변화시켜 가는 작업이다. 그렇다면 약을 디자인함에 있어서 바탕이 되는 종자 화합물을 찾는 것은 필수적이다. 종자 화합물을 찾는 방법에는 두가지가 있다. 첫번째는 우연히 발견해내기와 같은 고전적인 방법이다. 천연물을 종자 화합물로써 이용하는 것이다. 예를 들면 푸른곰팡이가 만들어 내는 성분으로부터 페니실린이 발견되었고 방선균으로부터 타크로리무스가 만들어졌다. 또한, 식물로부터 나오는 살리신으로부터 아스피린이 만들어졌으며, 코카인으로부터 국소마취약이 만들어졌다. 두번째는 컴퓨터를 사용하는 최신 수법이다. 천연물은 구조가 독특하다는 점에서는 뛰어나지만 화학적인 수식을 하기 어려운 경우가 많다는 점에서는 좋은 종자 화합물이라고 할 수 없다. 그래서 별도의 어프로치로서 과거에 합성된 많은 화합물 중에서 종자 화합물을 찾아내는 랜덤 스크리닝법을 사용한다. 즉, 과거에 다른 표적 단백질에 결합시켜 보려고 합성해 놓은 화합물 중에 새로운 표적 단백질에 작용하는 것이 존재할 가능성이 있기 때문에 랜덤 스크린이법을 이용한다. 요즘에는 HTS 시스템을 이용하여 하루에 100만 개 이상의 화합물을 스크리닝 할 수 있게 되었다. 스크리닝 비용을 획기적으로 줄여주는 VS방법도 있다.